El nombre de la institución fue tomado de la sobrina del Cacique Calarcá perteneciente a la tribu de los pijaos de la cultura indígena Quimbaya, quienes inicialmente habitaron este municipio.

En 1991 se inaguraba el barrio "Ciudad Boquía" y a partir de esta fecha se comenzaron a entregar viviendas pero surgía la necesidad de tener una institución educativa, ya que se calculaba una población escolar promedio de 800 menores para educación básica primaria, y se quería evitar gastos en desplazamientos peligrosos para ir a otras instituciones educativas.

Ante esta gran dificultad, en la primera junta de acción comunal y demás habitantes del sector, surgió la idea de realizar la construcción de una institución educativa, acorde con las necesidades de la época.

El proyecto fue elaborado y presentado a la Secretaría de Educación Municipal, donde fue apoyado, dándose comienzo al proceso de gestión y dinamismo requerido para poder otorgar esta institución educativa. Por otro lado, la comunidad necesitaba una solución a corto plazo, por lo cual solicitó al gerente del INURBE, el préstamo de la casa modelo de Ciudad Boquía, y allí empezó a funcionar la INSTITUCIÓN EDUCATIVA CIUDAD BOQUÍA.

Por el año de 1992, debido a que fueron adjudicadas nuevas viviendas, crece la demanda de cupos escolares, por lo que nace la necesidad de ampliar la instituciòn y, por lo tanto, de tener una infraestructura más amplia que permita albergar un mayor número de estudiantes.

Entre 1994 y 1996 es construida la actual planta física y mediante acuerdo número 51 del Honorable Concejo Municipal, se crea el colegio Ciudad Boquía.